VII. SOBRE VIOLINES Y CLOROFILAS

Una molécula de clorofila es el más pequeño y preciso “violín” diseñado por la naturaleza.

Su función resonante es equivalente a la de un instrumento musical de cuatro cuerdas, incluyendo en su estructura una “caja de resonancia”, cuatro “cuerdas vibrantes” y un conjunto variado de “clavijas de afinación”.

3,500 millones de años en investigación y desarrollo (R&D) en nanotecnología dieron como resultado la pieza molecular resonante más eficiente y de mayor trascendencia para la vida en el planeta.

La Clorofila posee una estructura tetrapirrólica derivada de la Clorina (Porfirina parcialmente reducida), ver Fig 1., caracterizada por contener una larga cadena de enlaces conjugados (18 o más enlaces 𝞼, 𝝿) , que les otorgan a la molécula sus propiedades resonantes y sus particulares espectros de absorción lumínica.

Fig 1. Estructura tetrapirrólica de la Clorina

En el caso de Bchl a, con dos anillos parcialmente reducidos, los enlaces conjugados (18 enlaces alternos 𝞼, 𝝿), ver Fig. 2, generan en la molécula unas frecuencias de exitación LUMO – HOMO particularmente bajas, correspondientes al espectro visible o incluso en el infrarojo cercano. La deslocalización electrónica es responsable de sus propiedades resonantes, convirtiendo al anillo en una verdadera “caja de resonancia molecular”, siendo las frecuencias de exitación electrónica inversamente proporcionales a la longitud de las cadenas conjugadas.

Fig 2. Bacterioclorofila a : Estructura molecular

En adición al macrociclo tetrapirrólico, clorofilas y bacterioclorofilas contienen dentro de sus estructura:

  • Un ión Mg2+ , coordinado en el centro de la molécula por los nitrógenos pirrólicos, el cual estabiliza la molécula, manteniendo la estructura planar característica de estos compuestos semi-aromáticos. Desde el punto de vista funcional, Mg2+ contribuye a los valores de exitación molecular.
  • Un quinto anillo (Ciclopentano), ubicado entre los pirroles III y IV (anillo V), limita la función planar del ión Mg2+ , otorgándole a la molécula una cierta curvatura. Adicionalmente, contribuye a los valores finales de los coeficientes orbitales moleculares, en consecuencia a la distribución electrónica molecular.
  • Radicales funcionales, que contribuyen a la hidrofobicidad molecular (CH3), al desplazamiento de absorción lumínica por electronegatividad (-CHO y -COOH) y a los valores finales de conjugación y absorción (–CH=CH₂).
  • Una cadena de fitol (alcohol diterpénico esterificado en el pirrol IV) hidrofóbico, el cual ancla la clorofila a la membrana, incrementa la solubilidad molecular en ambientes lipídicos, orienta la molécula adecuadamente para favorecer la absorción lumínica. En complejos antena contribuye al posicionamiento intermolecular para garantizar la transferencia energética vía Resonancia de Förster.

En resumen, los espectros de absorción en clorofilas dependen de la acción conjunta de la estructura conjugada del anillo tetrapirrólico, del magnesio coordinado, del ciclopentano, de los radicales asociados, e incluso del entorno electromagnético circundante , dando como resultado una “afinación” final del espectro de absorción (exitación energética) característica para cada tipo de molécula. Estos elementos, pero en particular los radicales, se convierten en las “clavijas de afinación” de este maravilloso instrumento de cuerdas, definiendo lo que musicalmente podría equivaler a una afinación bién temperada, ajustada en cada caso a la oferta energética particular presente en cada entorno ecológico, lo que contribuye de manera muy significativa a la diversidad de las especies fotosintéticas y de la vida en el plateta.

LAS CUERDAS VIBRANTES

En 1961, Martin Gouterman propuso un modelo que explicó adecuadamente el espectro de absorción de las porfirinas, basado en la existencia de cuatro orbitales moleculares.

De acuerdo al modelo, las bandas de absorción lumínica dependen de las trancisiones electrónicas entre dos orbitales HOMO y dos LUMO, ver fig 3., donde las energías de transición LUMO-HOMO son afectadas por Mg2+ y los radicales funcionales electronegativamente cargados, especialmente -CHO y -COOH.

Fig 3. Modelo de cuatro orbitales moleculares de Gouterman

Las cuatro configuraciones moleculares corresponden a los cuatro orbitales de Gouterman, los círculos azules y rojos representan los coeficientes orbitales atómicos, calculados a partir de la función de Schrödinger, de tamaño proporcional a su aporte a los valores finales de loscoeficientes de los orbitales moleculares, y el color de los círculos asu fase , 0° o 180°.

Las transiciones HOMO -> LUMO pueden ser directas, bandas Q en el espectro de absorción, ver Fig 3., o cruzadas, banda de SORET, en el azul o UV cercano.

De manera que los cuatro orbitales de Gouterman vienen a ser los equivalentes de las cuerdas vibrantes de nuestro pequeño instrumento musical.

Se debe aclarar que los orbitales LUMO son orbitales degenerados, con idéntico nivel energético, lo que conduce a una sola banda B.

LA LUZ HECHA MÚSICA

Las frecuencias correspondientes a las longitudes de onda indicadas en el espectro de absorción de la Fig 3. pueden calcularse a partir de la relación:

F = C/𝝺

Donde C es la velocidad de la luz y lambda (𝝺) la longitud de onda.

Con propósitos púramente comparativos, y sin pretender con esto unificar bajo un mismo fenómeno físico ondas electromagnéticas y ondas sonoras, es posible determinar las notas y octavas en las cuales se ubicarían los picos de absorción de la bacterioclorofila a (Bchl a), si dichas frecuencias correspondieran a ondas de sonido.

Fig 3. Notas musicales y octavas correspondientes a los picos de frecuencias de absorción de Bchl a .

Octavas 40, 41 y 42 !!!

Se requería un piano con un teclado de algo mas de siete metros de longitud para obtener dichas notas !!!

Este conjunto particular de notas (B, C#, D# y F#) no corresponde a ningún acorde clásico, ni mayor ni menor, si bién pertenecen a la escala de C# mayor, de manera que podrían utilizarse en la composición de piezas musicales en dicho tono, o construir un acorde suspendido para música moderna o Jazz, aunque sería un jazz imposible de escuchar con nuestro oído, dada su altísima frecuencia. Debemos conformarnos con escucharlas con nuestros ojos.

Como ondas electromagnéticas, las frecuencias de la octava 42 corresponden al violeta cercano y azul, mientras que las frecuencias de la octava 40 se ubican en el rojo.

CONCIERTO PARA DOS VIOLINES

Finalmente, aunque el tema merece un blog aparte, el fenómeno de la fotosíntesis implica no solo una transición electrónica de HOMO a LUMO en una molécula de clorofila, sino una liberación del electrón exitado para iniciar la cadena de transporte de electrones, ETC, elemento fundamental del proceso fotosintético.

Esta transición solo es viable en emparejamientos planares especiales de dos moléculas de clorofila que vienen a conformar una única unidad funcional, denominada “Special Pair”, ver Fig 4, la cual se ubica en el Centro de Reacción del aparato fotosintético.

La reducida distancia interplanar permite que se compartan los electrones 𝝿 de los enlaces conjugados de las dos moléculas, lo que modifica sensiblemente la respuesta exitatoria al punto de poderse liberar un electrón a partir de frecuencias exitatorias tan bajas como la banda Q , o incluso, en algunas bacterias del fondo oceánico, en bandas correspondientes al IR cercano.

Fig 4. CHla. Par especial.

Gracias a este “Concierto para dos violines”, la luz se hace materia.

La mejor analogía que encuentro para este maravillos fenómeno lo resumo en la siguiente imagen de Miguel Angel, con la cual concluyo el presente blog.

Orlando Rodríguez

M. Sc

V. ERWIN SCHRÖDINGER Y LA REALIDAD PROBABLE

El universo de las partículas subatómicas es un universo discreto, cuántico; es un universo de probabilidades, de incertidumbres, un universo de leyes que definitivamente no encajan en nuestra ilusión de un universo mecanicista, determinístico y continuo.

Esta nueva realidad incomodó a físicos de la talla de Albert Einstein. Es famosa su frase: “Dios no juega a los dados”, críticando la interpretación probabilística de la mecánica cuántica, especialmente al enfoque de la Escuela de Copenhague, representada por físicos de la talla de Niels Bohr y Werner Heisenberg. Pero también es famosa la respuesta de Bohr: “Einstein, deje de decirle a Dios lo que debe hacer”.

El velo que cubría la nueva física lo levantó accidentalmente Max Planck en 1900, durante su investigación de la radiación que emitía un cuerpo negro al calentarse, un fenómeno que no podía explicarse con la física clásica.

Durante su investigación, y para lograr que su modelo coincidiera con los resultados experimentales, partió de una premisa revolucionaria para la época: La energía no se intercambia de forma continua, la energía viene en “cuantos” o paquetes discretos, la energía de un oscilador atómico está cuantizada, y es proporcional a su frecuencia:

E=h⋅f

En esta ecuación h corresponde a una nueva constante, la “Constante de Planck.

El descubrimiento de dicha constante y la aplicación de los principios que llevaron a su determinación abrió una caja de pandora para la ciencia. En 1905 Albert Einstein pudo explicar el efecto fotoeléctrico a partir de dichas premisas, en 1925 le permitió a Erwin Schrödinger formular su famosa función de onda Ψ , y en 1926 condujo a que Max Born propusiera que |Ψ|² no representaba una densidad de energía (como pensaba Schrödinger), sino la “densidad de probabilidad” de encontrar una partícula en un punto en un momento determinado.

Entender los fundamentos de la mecánica cuántica ha sido de vital importancia para poder describir adecuadamente los procesos que operan al interior de la maquinaria fotosintética. Abordar esta nueva física es entonces un “debe” para quien desee profundizar realmente en el tema.

El desarrollo matemático que encabeza este blog es una invitación a abordar esta nueva física. M intención al escribir este blog es presentar de una manera sencilla el desarrollo de la función, resaltando en colores los aportes que para llegar a la misma tuvieron la relatividad especial, la mecánica cuántica y la física clasica.

Orlando Rodríguez

3 de julio , 2025

LECTURA ABSOLUTAMENTE RECOMENDADA:

David Derbes. A Student´s Guide to the Schrödinger Equation

IV . FOTOSÍNTESIS EN BACTERIAS PÚRPURA: CAPTURA DE ENERGÍA

Fig. 1. Diagrama general del supercomplejo fotosintético en bacterias púrpura

Las bacterias púrpura fotosintéticas son un grupo de Proteobacterias fotosintetizadoras anaerobias, las cuales utilizan como donadores de electrones succinatos, lactatos y eventualmente H2 o H2S a bajas concentraciones. Su aparato fotosintético, al igual que en los demás grupos biológicos, se encuentra embebido en invaginaciones de la membrana interna celular, las cuales generan un volumen confinado de periplasma donde se genera un gradiente de iones H+ requerido para la síntesis posterior de ATP.

El aparato fotosintético comprende un conjunto de proteinas transmembrana con funciones fínamente acopladas, e incluye complejos antena (LHII y LHI) destinados a la captura de energía lumínica y transporte de la misma al centro de reacción RC; el centro de reacción RC propiamente dicho, destinado a recibir y transferir la energía desde pigmentos fotosintéticos especiales hasta quinonas aceptoras a lo largo de una cadena de transporte de electrones, (Electron Transport Chain, ETC), incluye complejos cytocromo BC1, responsable de la generación PMF por medio de receptores especiales de quinonas; y finalmente complejos moleculares ATP synthase, que utilizan la PMF generada en la etapa anterior para ensamblar ATP.

El conjunto de subunidades conforman un supercomplejo transportador y almacenador de energía en forma de ATP y NADPH, moléculas fundamentales tanto para la activación de las cadenas de síntesis biológica como en los procesos de crecimiento, reproducción celular y en general en todas las funciones bioquímicas y fisiológicas demandantes de energía.

Fig. 2. Transferencia de energía entre complejos fotosintéticos. En la figura, “U” y “K” representan energías potencial y cinética, respectivamente.

CAPTURA DE ENERGÍA: COMPLEJOS ANTENA LHII Y LHI

    La energía lumínica es capturada en arreglos concéntricos de carotenos y bacterioclorofilas (BChl) , localizados en complejos proteínicos octaméricos transmembrana, denominados complejos antena LHII (Light Harvest complex II). La energía es enrutada al interior de LHII de 500 a 800 a 850 nm para posteriormente exitar arreglos igualmente concéntricos de BChl ´s en LH1 a 875 nm.

    Fig. 3. Light harvesting Complex II en Rhodoblastus acidophilus

    Fuente: Photosynthesis | The Purple Photosynthetic Bacterial Light Harvesting System. Richard J. Cogdell, Tu C. Nguyen-Phan, in Encyclopedia of Biological Chemistry (Third Edition), 2021

    Note en la figura la disposición en empalizada de los carotenos (moléculas café), y las disposiciones en anillos concéntricos de las 8 BChl´s paralelas a la superficie de la membrana plasmática (BChl´s violetas) y de las 16 perpendiculares a la misma (BChl´s azules).

    La transferencia de energía entre y dentro de anillos se realiza mediante “RESONANCIA DE FÖRSTER”, FRET, un tipo particular de resonancia cuántica no radiativa, que requiere distancias muy reducidas entre moléculas donadora y aceptora, y overlapping al menos parcial de la frecuencia de emisión del donador y frecuencia de exitación del aceptor, ver figuras 4 y 5.

    Fig. 4. Overlapping parcial entre frecuencia de emisión del donador y exitación del aceptor

    Fig. 5. Dependencia de la distancia entre moléculas donadora y aceptora para los valores de transferencia de energía.

    A diferencia de otros tipos de resonancia (Resonancia de Dexter), la Resonancia de Förster no mueve electrones exitados de donador a aceptor ni modifica su spin cuántico, por lo cual se define como una resonancia Singlet-Singlet no radiativa.

    Partiendo de una exitación de un electrón de HOMO a LUMO en la molécula donadora, ver fig. 6., se transfiere posteriormente su energía a moléculas adyacentes mediante transferencia no radiativa.

    Fig. 6. Exitación energética de HOMO a LUMO

    En este caso, la molécula donadora retorna un electrón de LUMO (Lowest Unoccupied Molecular orbital) a Homo (Highest Occupied Molecular Orbital) mientra que en la molécula aceptora uno de sus electrones eleva su energía de HOMO a LUMO.

    Fig. 7. Singlet-Singlet Förster Resonance Energy Transfer

    Al menos dos propiedades cuánticas adicionales y probablemente una tercera son aprovechadas por los Complejos Antena para ejecutar su función: Superposición Cuántica, Coherencia Cuántica y eventualmente Superradiancia Cuántica.

    Fig. 8.Transferencia de energía dentro de complejos (líneas azules) y entre complejos (Líneas rojas)

    La Superposición Cuántica permite que multiples rutas probables coexistan tanto al interior de los complejos antena (flechas azules), como entre complejos (flechas rojas), garantizando que la energía sea transferida exitosamente y de manera rápida desde la molécula receptora del fotón hasta al Centro de Reacción RC sin que en el tránsito se “pierda”en rutas erráticas. Una vez alcanzado RC, la energía es “leída” por el par especial de clorofilas y en este momento la función de onda colapsa o elimina las demás rutas probables.

    La unidireccional en cada paso también se garantiza por la disminución de frecuencias = Disminución de energía = aumento de longitud de onda durante el tránsito en el complejo de antenas (ver fig. 4).

    Sin embargo también se debe notar que la exitación de LHI se dá a una mayor frecuencia (865 nm) que la frecuencia del donador (875 nm).

    Es posible que la Coherencia y la Superradiancia Cuántica actuando en conjunto sean el elemento responsable del fenómeno.

    Fig. 9.Superradiancia Cuántica

    En el caso de los complejos antena, es probable que las moléculas individuales emisoras respondan bajo coherencia cuántica de forma espontánea , actuando cooperativamente como una única entidad.  La coherencia lleva a que el grupo emita luz en un único haz coherente de alta intensidad.  Este haz adquiere una intensidad  N veces más fuerte que la intensidad esperada de un grupo de partículas independientes.  En la figura 9 la variable N corresponde al número de partículas coherentes. Este efecto NO es basado en NINGUNA interacción entre las moléculas implicadas; es el resultado de las propiedades SIMÉTRICAS de la interacción del conjunto de partículas con el campo electromagnético lumínico global.

    En resumen, los complejos antena, como parte del supercomplejo fotosintético, garantizan que la energía incidente de un fotón sea transmitida de manera eficiente hasta el centro de reacción RC, donde un par especial de clorofilas se exitarán al punto de liberar un electrón iniciando una cadena de transporte de electrones (ETC) que al final del proceso se acumulará en moléculas especializadas. El tránsito de fotónica a electrónica se ejecuta en el centro de reacción RC.

    Orlando Rodríguez

    Julio2, de 2025

    LECTURAS RECOMENDADAS

    Hu X, Schulten K. Model for the light-harvesting complex I (B875) of Rhodobacter sphaeroides. Biophys J. 1998 Aug;75(2):683-94. doi: 10.1016/S0006-3495(98)77558-7. PMID: 9675170; PMCID: PMC1299743.

    Hu X, Ritz T, Damjanović A, Autenrieth F, Schulten K. Photosynthetic apparatus of purple bacteria. Q Rev Biophys. 2002 Feb;35(1):1-62. doi: 10.1017/s0033583501003754. PMID: 11997980.

    Miroslav Z. Papiz, Anna M. Hawthornthwaite-Lawless, Steve M. Prince, Gerry McDermott, Andy A. Freer, Neil W. Isaacs, Richard J. Cogdell,
    A model for the photosynthetic apparatus of purple bacteria,
    Trends in Plant Science,
    Volume 1, Issue 6,
    1996,
    Pages 198-206,
    ISSN 1360-1385

    III. FOTOSÍNTESIS: FLUJO DE ENERGÍA

    La fotosíntesis, como proceso bioquímico, tiene como función principal la captura de energía lumínica y el depósito final de la misma en moléculas orgánicas requeridas para soportar la estructura, mantenimiento y dinámica de la vida.

    Siguiendo una estricta secuencia temporal, el proceso comprende las siguientes etapas:

    • Captura de energía en complejos especializados, denominados complejos antena, o Light Harvesting Complexes, LHC
    • Exitación electrónica en un par especial de clorofilas, en centros de reacción RC
    • Transporte de energía a lo largo de una cadena de reacciones de oxidoreducción, Electron Transport Chain (ETC)
    • Generación de un gradiente protónico (Protomotriz Force, PMF), en particular en el complejo cytocromo BC1
    • Utilización de PMF en ATP Synthase, para producción de ATP
    • Utilización de ATP en procesos de biosíntesis

    A pesar de ser un proceso altamente eficiente, parte de la energía en cada etapa se pierde, bien en forma de calor, bien en procesos de disipación energética no fotoquímica no aprovechables (NPQ), de modo que el neto en cada etapa corresponde a la energía libre de Gibss para dicha etapa.

    La evolución energética se ilustra en la gráfica a manera de rampas continuas, ascendentes o descendentes dependiendo del caso, sugiriendo funciones continuas (salvo el caso resaltado como línea punteada escalonada en ETC), sin embargo el proceso es discreto, con una “granularidad” dependiente del número de reacciones bioquimicas involucradas en cada etapa.

    II. FOTOTROFISMO EN ARQUEAS

    Aunque las arqueas se separaron evolutivamente de las bacterias hace al menos 3,000 – 3,200 millones de años, las bases de sus mecanismos de captura y transporte de energía se han conservado invariantes.

    Así, el acoplamiento quimiosmótico entre un aparato generador de fuerza protomotiz (PMF) mediante bombeo de protones del interior hacia el exterior de la célula, y un complejo proteico (ATP-Synthase), diseñado específicamente para aprovechar este tipo de energía y acumularla en forma de ATP , son el común denominador para ambos grupos biológicos, si bien difieren de manera absoluta en la estructura y operación del complejo generador PMF.

    En arqueas, este complejo, denominado Bacteriorhodopsina BR, forma parte de un extenso arsenal de rhodopsinas presentes en arqueas, todas activadas por energía lumínica, grupo que incluye además las Halorhodopsinas HR (transporte hacia el citoplasma de iones Cl-) , Channelrhodopsinas CR (transporte Na+, K +, Ca2+, H+) , así como rhodopsinas sensoriales (SR) destinadas a orientar a las células hacia las fuentes de luz.

    En general, todas las rhodopsinas son proteinas 7-transmembrana con retinal como cofactor, pero a diferencia del retinal presente en nuestros ojos, la luz isomeriza de un estado all-Trans a 13-Cis .

    En BR, esta fotoisomerización genera a su vez un cambio conformacional al interior de la proteina, modificando la distribución de cargas eléctricas, particularmente en los aminoácidos D96, D85 , R82 y en el complejo Glu 204-Glu194 en la frontera externa de la proteína, convirtiendose estos elementos en receptores/dadores intermediarios del transporte de iones H+.

    De esta manera, el nuevo estado eléctrico generado por lo isomerización del retinal, guía de manera controlada el transporte activo de protones desde el citoplasma hacia el exterior de la célula, generando finalmente un gradiente H+ (PMF), a ser aprovechado por la ATP syntasa.

    El transporte de protones desde el citoplasma hacia el exterior de la célula no sigue una secuencia espacial dentro de la proteína, de manera que los movimientos parciales se dan “en desorden”, activandose primero D85 central (M1), luego PCR ubicado en frontera exterior, luego RSB y D96 interiores para finalmente concluir cerrando el ciclo R82 externo.

    Este aparente desorden evita el tránsito iónico en sentido contrario, Back Propagation dirían los amantes de la inteligencia artificial, de los iones H+, optimizando así la eficiencia PMF.

    Para garantizar la concentración iónica, el aparato fototrófico se ubica en invaginaciones de la membrana celular, lo que garantiza el confinamiento de carga H+ requerido para generar la diferencia de potencial a ser aprovechada por ATP Synthase .

    Esta estrategia de confinamiento de cargas mediante invaginaciones de membrana se repite de manera casi que invariante en los diversos complejos fotosintéticos presentes en algas y plantas superiores, en membranas de bacterias fotosintéticas y también en los complejos fosforilativos presentes en las mitocondrias.

    SIMETRÍA TRIGONAL-HEXAGONAL

    La distribución de rhodopsinas en la membrana celular obedece a unos arreglos geométricos en tripletas moleculares conformando hexágonos a manera de panal, lo que optimiza el aprovechamiento de la superficie de membrana.

    El proceso de aprovechamiento de luz para generación de PMF en arqueas es un proceso fototrofico, no fotosintético, lo que quiere decir que el carbono es incorporado al metabolismo celular a partir de moléculas parcialmente reducidas (HCO3-) y nunca (al menos en lo observado hasta el momento) a partir de CO2.

    En arqueas, el ciclo del Metil-Aspartato es la ruta reductora preferente, utilizando como fuente de energía el ATP generado por la ATP Synthase, y generando malato como punto de partida para numerosas rutas de biosíntesis celular.

    Orlando Rodríguez

    Juno 2025

    LECTURAS RECOMENDADAS

    Evolución de las Arqueas

    Adam PS, Borrel G, Brochier-Armanet C, Gribaldo S. The growing tree of Archaea: new perspectives on their diversity, evolution and ecology. ISME J. 2017 Nov;11(11):2407-2425. doi: 10.1038/ismej.2017.122. Epub 2017 Aug 4. PMID: 28777382; PMCID: PMC5649171.

    Bacteriorhodopsinas

    Yizhar O, Fenno L, Zhang F, Hegemann P, Diesseroth K. Microbial opsins: a family of single-component tools for optical control of neural activity. Cold Spring Harb Protoc. 2011 Mar 1;2011(3):top102. doi: 10.1101/pdb.top102. PMID: 21363959.

    Ernst OP, Lodowski DT, Elstner M, Hegemann P, Brown LS, Kandori H. Microbial and animal rhodopsins: structures, functions, and molecular mechanisms. Chem Rev. 2014 Jan 8;114(1):126-63. doi: 10.1021/cr4003769. Epub 2013 Dec 23. PMID: 24364740; PMCID: PMC3979449.

    Rhodopsinas sensoriales

    Sasaki J, Takahashi H, Furutani Y, Kandori H, Spudich JL. Sensory rhodopsin-I as a bidirectional switch: opposite conformational changes from the same photoisomerization. Biophys J. 2011 May 4;100(9):2178-83. doi: 10.1016/j.bpj.2011.03.026. PMID: 21539785; PMCID: PMC3149258.